アプリケーションの入力パラメタを定義したCOBOL登録集以外のCOBOL登録集は、apfwcblコマンド実行時に必要ですか？

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アプリケーションの入力パラメタを定義したCOBOL登録集は、apfwcblコマンド実行時に必要ですが、アプリケーションの一部として、使用するCOBOL登録集は、apfwcblコマンド実行時に必要ですか？

不要です。
アプリケーションの一部として、使用するCOBOL登録集（アプリケーションの入力パラメタのCOBOL登録集以外）は、COBOLのコンパイル時にだけ必要です。