Interstage Information Integrator において、文字コード変換エラー時に、処理を継続する場合、あらかじめ代替文字を設定し、エラー発生時は代替文字を埋め込まれる動作にすることはできますか？

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文字コード変換エラー時に、処理を継続する場合、あらかじめ代替文字を設定し、エラー発生時は代替文字を埋め込まれる動作にすることはできますか？

できます。
"データ変換定義"の"文字コード変換エラー発生時の代替文字"で設定することができます。

詳細は、以下のマニュアルを参照してください。

  Interstage Information Integrator V11.3.0 システム設計ガイド
    1.4 データ変換・編集

なお、上記以外の製品バージョンについては、該当するマニュアル箇所を参照してください。