Interstage Charset Managerにおいて、iconvコマンドで変換を行う際にファイルの容量に制限はありますか？

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iconvコマンドで変換を行う際にファイルの容量に制限はありますか？

あります。
2GB未満まで扱えます。2GB以上のファイルを処理する場合は、2GB未満のファイルサイズに区切って変換を行ってください。
なお、標準入力から入力されるデータについては、容量の制限はありません。