Interstage Charset Managerでは、使用できる外字の文字数に制限がありますか？

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使用できる外字の文字数に制限がありますか？

あります。
外字の文字数は、運用する文字コードにより定められているため、それを超える文字数を使用することはできません。例えば、Unicodeの場合は6400文字となります。