Interstage Charset Managerは、JIS2004の第三水準／第四水準の文字が利用できますか？

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JIS2004の第三水準／第四水準の文字が利用できますか？

利用できます。
Windows Vista以降で採用された「JIS X 0213:2004（JIS2004）」に対応していますので、追加された第三水準／第四水準の文字が利用できます。
JIS 2004に未対応のシステムでは、コード変換を行って文字化けやシステムエラーなどのトラブルを回避できます。

詳細については、下記のページをご覧ください。
　FUJITSU Software Interstage Charset Manager