Interstage Application Serverにおいて、WebアプリケーションのエンコーディングにUTF-16BEを指定することはできますか？

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WebアプリケーションのエンコーディングにUTF-16BEを指定することはできますか？

指定できます。UTF-16BEはJDKで使用できるエンコーディングであり、Webアプリケーションのエンコーディングに指定することがサポートされています。なお、クライアント環境によってはブラウザ設定によらずQuery、POSTデータがUTF-8固定になってしまう場合があります。そのため、クライアントOSの種類／言語環境／バージョン、ブラウザの種類／バージョン／設定の組み合わせなど、利用環境での確認／検証をしてください。