Interstage Application Serverにおいて、Tomcat 4.1ベースのServletサービスを使用してWebサーバとIJServerワークユニットを同一のマシンで運用しています。IJServer側（Servletコンテナ設定）の同時処理数を変更した場合に、Webサーバコネクタ設定の同時処理数を設定する必要はありますか？

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WebサーバとIJServerワークユニットを同一のマシンで運用する環境において、IJServer側（Servletコンテナ設定）の同時処理数を変更した場合に、Webサーバコネクタ設定の同時処理数を設定する必要はありますか？

必要ありません。
Webサーバコネクタの同時処理数の設定値は、IJServerワークユニットのServletコンテナの同時処理数の設定値と同じです。
WebサーバとIJServerワークユニットを同一のマシンで運用する設定の場合、Webサーバコネクタの設定はログ参照やログ設定だけで、その他の環境設定は行えません。