Interstage Application Serverにおいて、Webアプリケーションの再配備を行うと、web.xmlファイルの設定が書き換えられてしまいます。

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Webアプリケーションの再配備を行うと、web.xmlファイルの設定が書き換えられてしまいます。原因と対処方法を教えてください。

既に配備されているアプリケーションのweb.xmlファイルを編集していたためです。
新たに配備するアプリケーションのwarファイルに含まれるweb.xmlを編集して、配備を行ってください。