Interstage Application Serverにおいて、JSPの事前コンパイルの途中でコンパイルを停止することは可能ですか？

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ijscompilejspコマンドでJSPの事前コンパイルを行います。事前コンパイルの処理に時間がかかった際にコンパイルを途中で停止させることは可能ですか？

可能です。JSPの事前コンパイルを途中で中断するには、Interstage JMXサービスを停止してください。
Interstage JMXサービスを停止する方法は、マニュアル「Interstage Application Server 運用ガイド」の「Interstage管理コンソールの起動・停止」を参照してください。