Interstage Application Serverでは、Interstageシングル・サインオンのシステムにおいて、各サーバでInterstageのバージョンが異なる運用は行えますか？

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Interstageシングル・サインオンのシステムにおいて、各サーバでInterstageのバージョンが異なる運用は行えますか？

可能です。
詳細については、以下のマニュアルを参照してください。

　使用上の注意
　　注意事項
　　　Interstageシングル・サインオンの注意事項
　　　　バージョン・エディション混在でシングル・サインオンシステムを構築する場合の注意事項