Interstage Application Serverは、インストールしたフォルダに設定されている8.3形式（ショートネーム）を削除した場合に動作しますか？

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インストールしたフォルダに設定されている8.3形式（ショートネーム）を削除した場合に動作しますか？

動作しません。
Interstage Application Serverは、運用時に8.3形式（ショートネーム）を使用しているため、動作しません。