Interstage Application ServerのInterstage証明書環境における、サイト証明書の更新で、scsmakeenvコマンドや、scsenterコマンド実行時に指定するパスワードは、以前指定したものと別の値でも問題ありませんか？

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Interstage証明書環境における、サイト証明書の更新では、以前利用したCSRとは別のCSRを作成しますが、scsmakeenvコマンドや、scsenterコマンド実行時に指定するパスワードは、以前指定したものと別の値でも問題ありませんか？

以前指定したパスワードを指定してください。
scsmakeenvコマンドや、scsenterコマンド実行時に指定するパスワードは、Interstage証明書環境にアクセスするためのパスワードになります。
Interstage証明書環境にアクセスするためのパスワードは、初回scsmakeenvコマンド実行時に指定したパスワードで固定されます。
そのため、パスワードを変更したい場合は、Interstage証明書環境のディレクトリを一度削除し、再度scsmakeenvコマンドを実行してください。