Interstage Application Serverで、サイト証明書を更新するためにCSRの作成まで実施したのですが、同じニックネームを用いて、CSRを作成しなおすことはできますか？

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サイト証明書を更新するためにCSRの作成まで実施したのですが、同じニックネームを用いて、CSRを作成しなおすことはできますか？

同じニックネームを用いて、CSRを作成しなおすことはできます。
まず、CSRを作成した際に指定したニックネームを指定し、scsdeleteコマンドを実行してください。そのあと、scsmakeenvコマンドを実行し、CSRを作成しなおしてください。