Interstage Application Serverにおいて、Javaヒープをほとんど使用していないのですが、FullGCが発生します。

Interstage Application Serverのよくあるご質問を検索できます。

Javaアプリケーション実行時のガーベジコレクションのログを見ると、ほとんどJavaヒープを使用していない状態に見えるにもかかわらず、FullGCが発生しています。原因として何が考えられますか？

アプリケーションでjava.lang.System#gc()を発行している可能性がありますので、まず、アプリケーションを確認してください。
また、Java VMの起動オプション「-XX:+PrintJavaStackAtSystemGC」を指定することにより、System#gc()の呼び出し元を調べることもできます。下記のマニュアルを参照してください。

• V9、V8
  Interstage Application Server/Interstage Web Server チューニングガイド V9
  　第7章 JDK/JREのチューニング
  　　7.2 FJVM
  　　　7.2.7 java.lang.System.gc()実行時におけるスタックトレース出力機能

  なお、上記以外の製品バージョンについては、該当するマニュアルを参照してください。