Interstage HTTP Serverにおいて、インストール時に公開用ルートディレクトリに格納されるコンテンツを削除した場合、動作上の問題はありませんか？

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インストール時に公開用ルートディレクトリ（DocumentRootディレクティブの設定値）に格納されるコンテンツを削除した場合、動作上の問題はありませんか？

問題ありません。
インストール時には、DocumentRootディレクティブで指定したディレクトリにサンプルのコンテンツが格納されています。Webサーバの運用に応じて、不要なサンプルのコンテンツを削除するか、またはDocumentRootディレクティブで指定するディレクトリを変更してください。