Interstage HTTP ServerのTimeoutディレクティブについて、Webアプリケーションの最大処理時間を考慮する必要がありますか？

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Timeoutディレクティブについて、Webアプリケーションの最大処理時間を考慮する必要がありますか？

考慮する必要はありません。
Interstage HTTP ServerのTimeoutディレクティブの設定は、クライアントとの間でデータパケットを送受信するときに待機する最長の時間を指定します。