Interstage HTTP Serverにおいて、公開用ルートディレクトリ配下にシンボリックリンクファイルを作成して、Webサーバを運用できますか？

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公開用ルートディレクトリ配下にシンボリックリンクファイルを作成して、Webサーバを運用できますか？

できます。
公開用ルートディレクトリ（DocumentRootディレクティブの設定値）配下に対して、OptionsディレクティブにFollowSymLinks（またはAll）オプションを設定することにより、シンボリックリンクファイルを使用してWebサーバを運用できます。