Interstage HTTP Serverの複数Webサーバ機能を利用する場合、各定義の上限値について教えてください。

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複数Webサーバ機能を利用する場合、Webサーバごとに設定できるクライアント同時接続数など各定義の上限値は、Webサーバ数に応じて変動しますか？

いいえ。複数Webサーバ機能の場合、Webサーバごとに上限値を設定します。
別のWebサーバの定義の影響は受けません。