Interstage Application Serverにおいて、Webアプリケーション名を省略し、ホスト名だけを指定してアクセスすることはできますか？

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Webアプリケーション名を省略し、ホスト名だけを指定してアクセスすることはできますか？

できます。
Webアプリケーション名を省略して呼び出す場合は、配備時にWebアプリケーション名を「ROOT」としてください。
詳細は、Interstage管理コンソールヘルプを参照してください。