Interstage Application Serverにおいて、Webサーバにwarファイルを配備しなくてもJavaScriptの変更はできますか？

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Webサーバにwarファイルを配備しなくてもJavaScriptの変更はできますか？

できます。
クライアントで動作するJavaScriptであれば、IJServerワークユニットでは静的なコンテンツとして扱われます。ファイルを置き換えれば、次回リクエスト時に置き換えたファイルが使用されます。