GTM-MML4VXJ
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SCIGRESS 製品概要

Workspace (分子描画/解析結果表示)

Workspaceは、分子を構築するためのモジュールです。マウスだけで簡単に構築可能です。更に計算結果により、分子軌道や静電ポテンシャル図、UV-Visスペクトル、IRスペクトルを表示します。

Workspace

uv-vis-paba

等電子密度面表示

ch3fanime

静電ポテンシャル面表示

es-tabulator
  • 静電ポテンシャルによる色分け
  • 「フロンティア電子密度による色分け
  • 反応性次数による色分け

分子軌道図表示

homo-tabulator
lumo-tabulator

Spreadsheet (自動バッチ計算」GUI)

  • Spreadsheetは、実験室で合成した膨大な化合物や計算結果を一覧にして管理できます。
  • 求めたいプロパティをあらかじめ指定することにより、複数化合物に対し一括して自動計算を実行できます。
  • データのソートやグラフ化、直線回帰が簡単に行えます。データを論文投稿に適したフォーマットで出力できます。
  • 計算の手間を大幅に省くことができます。

Spreadsheet

spreadsheet

計算モジュール

  • Mechanics
    分子力学法を用いて分子の最適構造などを計算するモジュールです。
  • Dynamics
    分子動力学法のソフトウェアで、分子モデルの挙動をシミュレートできます。
  • Extended Huckel
    シュレディンガー方程式を解く経験的な分子軌道計算法です。
  • ZINDO
    半経験的分子軌道法のプログラムです。
  • MO-G
    半経験的分子軌道法のプログラムです。
  • MO-S
    有機分子の紫外・可視スペクトルを精度良く求めることができます。
  • MD-ME
    古典的分子動力学法に基づき、無機物や有機物から構成されるさまざまな材料の設計を支援するためのソフトウェアです。

計算モジュール一覧ページへ

外部プログラムインターフェース

  • 文部科学省の「革新的シミュレーションソフトウェアの研究開発」プロジェクトで開発された密度汎関数法ソフトウェア「PHASE」を利用するためのインターフェースを用意しています。
    PHASE I/Fはアドバンスソフト株式会社が開発・販売する「Advance/PHASE V2.5」にも対応しています。
  • SCM社が開発・販売する密度汎関数法ソフトウェア「ADF」を利用するためのインターーフェースを用意しています。 SCIGRESS V2では、従来のADFインターフェースの機能に加え、周期境界構造計算「ADF BAND」のインターフェースを用意しています。
  • コンフレックス株式会社が開発・販売する配座空間探索ソフトウェア「CONFLEX 7」を利用するためのインターフェースを用意しています。
  • SCC社が開発・販売する半経験的分子軌道法ソフトウェア「MOPAC2009」を利用するためのインターフェースを用意しています。
  • Iowa州立大学のGordon research groupを中心に開発されている非経験的分子軌道法、密度汎関数法ソフトウェア「GAMESS」を利用するためのインターフェースを用意しています。

PHASEインターフェース

phase-if

入出力ファイル形式変換

SCIGRESSで用いているデータ形式と他のアプリケーションなどのファイル形式との間で形式を変換します。

SCIGRESSからエキスポート可能なデータ形式

  • Tribble形式
  • Brookhaven形式(PDB)
  • MDL Mol形式
  • SYBYL Mol形式

SCIGRESSにインポート可能なデータ形式

  • Brookhaven形式(PDB)
  • MDL Mol形式
  • Shelx形式
  • Cambridge形式
  • Crystal Structure形式
  • SYBYL Mol形式
  • Gaussian fchk形式

化学構造データベース検索機能

  • SCIGRESS上で化学構造データベースを検索するための新機能です。
  • CambridgeSoft社のデータベースChemFinderに対応しています。
  • SCIGRESSのデータベースAPI2を用いることで、任意の化学構造データベースをSCIGRESSから利用することができます(別途プログラム開発が必要)。

検索結果表示画面

reference

化学構造式エディタ連携機能

  • 計算対象の分子構造を化学構造式エディタで作図するための機能です。
  • CambridgeSoft社の構造式描画ソフトウェアChemDrawがインストールされている環境ではChemDrawと連携することができます。

化学構造式エディタ

drawing

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