Big Data in der Medizin: Fujitsu PRIMEFLEX for Hadoop unterstützt das Deutsche Krebsforschungszentrum bei der Analyse von Genom-Daten

19. Februar 2016

Auf einen Blick:

• Analyse von Petabyte von Genom-Daten mithilfe einer skalierbaren Hochleistungs-Plattform von Fujitsu für Big-Data-Anwendungen
• Grundlage: Vorkonfigurierte und getestete Hard- und Software-Komponenten auf Basis von Industriestandards
• Sofort einsetzbare Big-Data-Referenzarchitektur von Fujitsu mit Hadoop-Open-Source-Software von Cloudera
• Geringer Einarbeitungsaufwand für die integrierte visuelle Big-Data-Analyselösung von Datameer

Das Deutsche Krebsforschungszentrum (DKFZ) in Heidelberg setzt für die Untersuchung des menschlichen Erbguts (Genoms) von Patienten Fujitsus Integrated System PRIMEFLEX for Hadoop ein. Die leistungsstarke und skalierbare Plattform ermöglicht die Analyse großer Datenmengen mit hoher Geschwindigkeit. Das DKFZ nutzt die Plattform dazu, um das Tumorerbgut von Patienten zu untersuchen. Obwohl das menschliche Genom aus “nur“ 3 Milliarden Basen-Paaren besteht, kommen dabei selbst bei wenigen Tausend Patienten schnell mehrere Petabyte an Daten zusammen. Dafür verantwortlich sind Oversampling-Faktoren und die Tatsache, dass pro Patient mehrere Gewebeproben untersucht werden können.

Normalerweise werden diese Daten mit speziellen Verfahren analysiert, um schrittweise die relevanten Informationen aufzuspüren. Kommen dabei die in der Forschung gebräuchlichen Rechner-Cluster zum Einsatz, kann es mehrere Monate dauern, bis Resultate vorliegen und die nächsten Forschungsfragen formuliert werden können. Daher lohnt es sich, die Rohdaten für eine schnelle, parallele Bearbeitung aufzubereiten. Das erfolgt beim DKFZ mithilfe der Hochleistungs-Big-Data-Infrastruktur von Fujitsu. Integrated System PRIMEFLEX for Hadoop kombiniert die Vorteile vorkonfigurierter und vorab getesteter Hardware, die auf Industrie-Standard-Komponenten basiert, mit Open-Source-Software von Cloudera® und der Big-Data-Analysesoftware von Datameer®. Anwendern wie dem DKFZ steht somit eine leistungsstarke, schlüsselfertige Big-Data-Plattform zur Verfügung, die sofort einsatzfähig ist und sich nach Bedarf erweitern lässt.

Vortrag auf dem Bitkom Big Data Summit
Auf dem Big Data Summit des Digitalverbandes Bitkom am 25. Februar 2016 im Congress Park in Hanau halten Dr. Matthias Schlesner vom DKFZ und Dr. Fritz Schinkel von Fujitsu einen Vortrag zum Thema "Schnelle Orientierung in Genomdaten" (Donnerstag, 25.02.2016 von 12:30 bis 13:00 Uhr). Dabei gehen sie auf die Vorteile ein, welche die Analyse von Rohdaten mithilfe von Big-Data-Infrastrukturen und entsprechender Analysesoftware bieten.

Mehr Informationen erhalten Sie hier:
http://www.bitkom-bigdata.de/programm/2016-02-25/schnelle-orientierung-genomdaten/

Zitate
Dr. Matthias Schlesner, Head of Computational Oncology am Deutschen Krebsforschungszentrum
„Die Analyse großskaliger biomedizinischer Datensätze in der Krebsforschung und bei der Untersuchung genetischer Erkrankungen setzt voraus, dass Rohdaten besser für eine schnelle und parallele Verarbeitung organisiert werden. Das lässt sich mithilfe von Big-Data-Infrastrukturen und einer entsprechenden Analysesoftware bewerkstelligen. Dadurch erhalten unsere Forscher deutlich schneller Antworten auf ihre Fragen. Das wiederum kommt den Patienten zugute.“

Dr. Fritz Schinkel, Head of Competence Center Big Data bei Fujitsu
„Nicht nur Unternehmen, sondern auch Forschungseinrichtungen wie das Deutsche Krebsforschungszentrum profitieren von Big-Data-Technologien. Doch dazu benötigen sie eine Hochleistungsplattform, die sich auf einfache Weise implementieren und bei Bedarf schnell erweitern lässt. Mit Integrated System PRIMEFLEX for Hadoop steht eine Lösung zur Verfügung, die exakt diese Anforderungen erfüllt. Damit leistet Fujitsu einen maßgeblich Beitrag zu einer 'Human Centric Intelligent Society'.“

Weitere Informationen zum Fujitsu Integrated System PRIMEFLEX für Hadoop erhalten Sie über

• Fujitsu Integrated System PRIMEFLEX für Hadoop